Durante los 400 años posteriores a la conquista de Popayán, se elegiría la historia de nuestra ilustre institución Real Colegio San Francisco de Asís, cuyos inicios inmediatos se remontarián a la fundación del seminario por parte de la Diócesis de Popayán, que posteriormente y, en cabeza de los padres jesuitas: Francisco Fuentes, el señor Deán don Francisco Vélez de Zúñiga y el ilustrísimo señor obispo Fray Francisco de la Serna y Rimaga Salazar, impulsarían la creación de una fundación a la que otorgarían el nombre bajo la advocación de San Francisco de Asís, y cuya designación permanecería hasta la actualidad. La fundación fue aprobada por el Rey Felipe IV el 4 de octubre de 1643.

El 26 de Junio de 1961 el doctor Víctor Chaux Villamil en reunión de la “Confraternidad de ex-alumnos” propone a los miembros de la mencionada asociación, la restauración del antiguo y glorioso “Colegio Seminario” de Popayán, mediante la creación de un colegio distinto, que proporcionaría a los alumnos una educación religiosa y moral.

El doctor Antonio José Lemos Guzmán, en su carácter de representante legal de la Sociedad Restauradora del Real Colegio San Francisco de Asís, y el presbítero Eduardo Arboleda Valencia, en representación de la comunidad Vicentina (Lazaristas), firmaron el 5 y 15 de Abril de 1963 un contrato en el cual la Sociedad Restauradora confía a la congregación de la Misión la dirección moral, pedagógica y docente del Real Colegio San Francisco de Asís de Popayán, iniciando labores el 4 de octubre del mismo año bajo la dirección del padre Carlos Álvarez sucedido posteriormente por el padre Francisco Vargas, quien en 1971 translada la dirección al padre Jorge Ocampo Jaramillo, quien lo regenta hasta el 30 de Enero de 1981.

El 13 de diciembre de 1980, la Junta Directiva de la Fundación Real Colegio San Francisco de Asís, presidida por el doctor Víctor Chaux Villamil, Clemencia Cajiao de Velasco, el doctor Julio Arboleda Valencia, Juan de Dios Garcés y Héctor Hugo Hoyos y el doctor Antonio José Iragorri R, designan como rector al magíster Edelberto Cancelado Beltrán, quien asume las riendas del colegio desde el 1 de febrero de 1981 hasta el 30 de junio del año 2005.

Durante el primer año de la dirección del magíster Cancelado, se crea la sección de primaria y posteriormente en el año 1985 se instituye la sección de preescolar. Así mismo optimiza los procesos formativos, impulsa la creación de la Sala de Sistemas y propone la implementación de actividades deportivas y artísticas como complemento de la formación académica. El prestigio alcanzado durante su administración hace visible múltiples reconocimientos académicos, culturales y deportivos, Varios premios Andrés Bello y ECOPETROL, reflejo de su incansable labor.

El 10 de junio del año 2005 la Junta directiva de la Fundación Real Colegio San Francisco de Asís, presidida por el Dr. Julio Arboleda Valencia y los doctores Gerardo Mera, Luis Guillermo Salazar Salazar, Héctor Hugo Hoyos, Diego Alonso Paz, Sigifredo Villaquirán y Diego Bustamante Gómez, designan como rector al magíster Nelson Fabio Guaca Girón quién asumira la direccion del colegio a partir del 1 de julio del mismo año hasta el 30 de junio del año 2013. Durante su administración y con el apoyo de la Junta Directiva, la institución adquiere una infraestructura propia impulsando así la excelencia educativa de forma integral.

El 30 de junio del año 2013, la Junta Directiva de la Fundación Real Colegio San Francisco de Asís, presidida por el Ingeniero Luis Guillermo Salazar Salazar, Julio Arboleda Valencia, Gerardo Mera, Ramsés López Santamaría, Guefry Agredo, Luis Guillermo Salazar, Diego Bustamante Gómez y la señora Olga Velasco de Herrera, encargan la rectoría al licenciado Gerardo María Ortega Ortega, quién asume la dirección hasta nuestros días.

Cabe destacar que el profesor Gerardo Ortega Ortefa está vinculado a la institución desde hace 46 años de forma ininterrumpida, tiempo en el que ha desempeñado los cargos de Docente, Coordinador de Convivencia y Coordinador General; demostrando gran sentido de pertenencia, vocación de maestro, espíritu de liderazgo, entrega y compromiso.

En el año de 1662 fue fundado el Real Colegio San Francisco de Asís por la entonces Diócesis de Popayán, su acción en forma continua duró hasta el año 1942 y se prolongó con el Colegio de Nuestra Señora del Pilar cerrado en 1952. Durante esta etapa tricentenaria se educaron en el colegio, muchos de los más importantes hombres del país, tanto en la Colonia como en la Independencia y en la época de la República, adquiriendo una posición sobresaliente en el panorama nacional, dando el altísimo nivel académico que alcanzaban sus educandos.

Esta es la razón para que la Confraternidad de Antiguos Alumnos del Real Colegio Seminario decidiera restaurar la Institución en el año de 1961 con el propósito de continuar esta tradición payanesa. Por ello hoy existe el Colegio con el carácter de Fundación.

La Fundación es una persona jurídica de derecho privado creada conforme a las leyes que las rigen, para desarrollar una labor determinada a favor de la comunidad. Así nuestra fundación Real Colegio San Francisco de Asís está creada sin animo de lucro y ningún tercero puede beneficiarse de sus créditos, los que se destinan exclusivamente al cumplimiento de su objeto social.

La Fundación se maneja por una Junta Directiva conformada según los estatutos que la crearon y que están debidamente registrados ante la autoridad competente.