La Junta Directiva de una institución católica como es el Real Colegio San Francisco de Asís, debe cumplir con el objeto principal para el que fue creado:

«Posesión, administración, dirección, sostenimiento y ensanchamiento del colegio» y «formación moral, intelectual y física de la juventud en las diversas etapas de la enseñanza, con absoluto respeto a las leyes y con sujeción a las doctrinas del cristianismo».

La Junta está obligada a cumplir todas las disposiciones legales que regulan la educación privada, pero por su carácter jurídico es absolutamente autónoma en su manejo. Los miembros que la integran son:

Doctor Luis Guillermo Salazar Salazar

Miembros Permanentes

Doctora Olga Velasco Cajiao
Doctor Gerardo Mera Velasco
Doctor Guefry Ágredo Méndez

Miembros Suplentes

Sr. Álvaro Rivera Estrella, delegado de los Exalumnos del Colegio

Miembros Delegados
Pbro. Otón Aveldaño Palechor – Delegado del Señor Arzobispo

Sr. Jaime Moncayo Yépes, representante de los Padres de Familia