Según lo definido en el artículo 23 de la Ley 115/94 donde se establecen las siguientes áreas obligatorias y fundamentales, el artículo 77 de la Ley 115/94 sobre la autonomía de las instituciones y el decreto 1290 de 2009, el Real Colegio San Francisco de Asís ha definido su plan de estudios de acuerdo a las siguientes áreas con sus respetivas asignaturas:
Ciencias naturales y educación ambiental (Ciencias naturales, Biología, Física, Química)
Ciencias sociales (Historia, Geografía, Constitución política y democracia, Cátedra de la paz)
Educación artística (Música, Banda rítmica, Teatro, Danzas, Artes plásticas, Dibujo)
Educación ética y en valores humanos
Educación física, recreación y deportes (Baloncesto, Fútbol, Voleibol, Fútbol sala)
Educación religiosa
Humanidades (Lengua castellana, Inglés, Lectores Competentes)
Matemáticas (Aritmética, Álgebra, Trigonometría, Cálculo, Estadística, Geometría y Análisis matemático y estadístico)
Tecnología e informática
Contabilidad
Filosofía
Ciencias económicas
Ciencias Políticas
La Educación Preescolar, Educación Básica y Media y las áreas de estudio fundamentan sus programas desde el marco general de competencias Básicas contenidas en los Lineamientos Curriculares y los Estándares de Competencias Básicas.

Los logros y juicios valorativos propuestos para las diferentes asignaturas que valoran las competencias básicas, se dan a conocer al inicio de cada periodo académico y al finalizar el mismo se entrega un informe de valoraciones para determinar los avances en la formación del educando.

En la estructura académica de la Institución, las áreas de estudio son las encargadas de orientar los procesos de enseñanza, aprendizaje, evaluación e investigación desde Preescolar hasta la Educación Media, con lo cual se busca coherencia y cohesión en los diferentes procesos.

El estudiante, en las áreas de Educación Artística y Educación Física, deberá escoger (en cada una de ellas), alguna de las modalidades ofrecidas por la institución.

Para mayor información sobre el Plan de Estudios y el Sistema de Evaluación y Promoción, consulte el manual de Convivencia de la institución.